微是土壤中一切肉眼看不见或看不清的微小生物的总称。主要包括细菌、真菌、放线菌。其个体微小，一般以微米或毫微米来计算，通常1克土壤中有几亿到几百亿个微生物。土壤微生物是土壤生命活体的主要组成部分，参与了土壤发生发育的全过程，是土壤物质转化的动力来源。同时，土壤又是微生物生长发育的最佳环境，土壤中一系列物理、化学性质，如土壤水分、土壤结构、pH值、养分等均影响土壤微生物的种群类型、生物活性、存在状态和分布特性。土壤中微生物数量多、繁殖快、活性强，能够改善土壤、促进植物生长，在农业生产中起重要作用：1.改善土壤通透性，促进根系生长。微生物无孔不入，通过其旺盛的生命代谢活动，分解孔隙中的堵塞物质，增加土壤孔隙度，改善土壤的通气透水性，利于根系的生长。2.分解，形成腐殖质。作物的残根败叶和施入土壤中的料，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用；并且形成腐殖质，改善土壤的理化性质。3.改善植物营养。微生物可以吸收和固定大气中的氮，增加土壤中氮的来源。微生物可以将不溶性磷转化为植物可利用的形态，从而提高土壤中磷的生物有效性。土壤微生物能将土壤中的铁转化为植物可吸收的铁。4.产生酶和植物激素。微生物能够产生激素，如赤霉素、吲哚乙酸、丁酸等，可以调控作物生长，进而提高产量。微生物能够产生酶，如ACC脱氨酶，降低植物生长时的乙烯水平，促进植物生长。5.生物防治。某些微生物在不同程度上具有抑制病毒和致病性细菌、真菌的作用，在一定条件下可以成为植物病原菌的拮抗体。某些微生物还能把土壤中有毒的硫化氢（H2S）、甲烷（CH4）等转化成无毒物质，如硫化细菌能将H2S转化为硫酸盐。但是，土壤微生物也有对植物生长不利的一面，有些微生物本身就是致病的病原菌，有些微生物在土壤中会产生有害的作用，如反硝化细菌，能把硝酸盐还原成氮气，排放到空气里，使土壤中的氮素受到损失。实行深耕、增施有机肥料、给过酸的土壤施石灰、合理灌溉和排水等措施，可促进土壤中有益微生物的繁殖，发挥微生物提高土壤肥力的作用。
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